How to install PYLITH in Windows 10 environment

This tutorial will discuss about how to install PYLITH-code in windows 10 environment via Linux bash shell. PYLITH is finite-element code for dynamic and quasi-static simulations of crustal deformation, primarily earthquakes and volcanoes.

STEP 1.
Enable Linux bash shell environment on Windows 10. You can follow this tutorial to do this step. Please note, that tutorial is written in Indonesia :). Well, you must learn Bahasa Indonesia first beforehand, LOL. Don’t worry, I put figures in each step so that other can understand even can’t understand the language.

STEP 2.
Preparing folder

– Download
I assume you just enable Linux bash shell and your $HOME directory is still fresh (no folder at all). The first folder in this directory will be “download”. This folder will be used to save the PYLITH-code.
you can simply type:
>> mkdir [name of folder]

So now you already have directory: $HOME/download

STEP 3.
Download binaries sources.

PYLITH-code binaries can be downloaded from this link. User can choose 32-bit or 64-bit system. The latest version of PYLITH is 2.2.1.
Why binaries? well, this is the most easiest way to install and use PYLITH in our computer :).
Go to your “download” directory, simply type:
>> cd $HOME/download
Then, type:
>> wget https://geodynamics.org/cig/software/pylith/git/v2.2.1/pylith-2.2.1-linux-x86_64.tgz

In this way, you will download the latest version of PYLITH (2.2.1)

STEP 4.
Extract/unpack downloaded file.

Simply type:
>> tar -xzf pylith-2.2.1-linux-x86_64.tgz

you will notice new folder, same as above, “pylith-2.2.1-linux-x86_64”

STEP 5.
Set environment variables.

In the original manual, user can type:
>> source setup.sh
Note: please make sure you still in your PYLITH directory when execute this command.
However, major shortcoming of using this command is that one should go to “download” folder and type this command every time they want to use PYLITH, otherwise the system will not recognize any command from PYLITH-code.

The solution is very easy, you just need to add PYLITH environment variable to your shell setup (.bashrc). Many text editor are available, in this case I use VIM. If your system still doesn’t have this program, you can install it by using following command:
>> sudo apt-get install vim

After installing VIM, type following command
>> cd ~
>> vim .bashrc
then, add following path in the end of line

export PATH=”$HOME/download/pylith-2.2.1-linux-x86_64/bin/:$PATH”

export PYTHONPATH=”$HOME/download/pylith-2.2.1-linux-x86_64/lib/python2.7/site-packages:$HOME/download/pylith-2.2.1-linux-x86_64/lib64/python2.7/site-packages”

export LD_LIBRARY_PATH=”$HOME/download/pylith-2.2.1-linux-x86_64/lib:$HOME/download/pylith-2.2.1-linux-x86_64/lib64″

In this case, $HOME/download/pylith-2.2.1-linux-x86_64/ is the directory where my downloaded PYLITH-code is located

Once use save your bashrc, command from PYLITH-code can be executed everywhere.

STEP 6.
Verification

The simple way to check that PYLITH has been installed correctly is to run one command or example. In this way, just simply type:
>> pylith
and you will get following result

Congratulation!! PYLITH-code is running well in your computer (well, even above command give you “unwell” output ^^).

Linux bash shell in windows 10 is also capable in building PYLITH from source, but not recommended for one who doesn’t familiar with UNIX environment. It is very tricky and is fraught with a hidden difficulty. I will write about this issues later, Insyaallah.

How to download bathymetry data

Tulisan di bawah akan membahas tentang bagaimana cara mendownload data bathymetry dari GEBCO

noted:

*pastikan telah mendaftar di website GEBCO sebelum mendownload data mereka.

*silahkan klik masing-masing gambar untuk memperjelas tampilan

silahkan gunakan link ini untuk mendaftar.

1. Setelah selesai melakukan registrasi, silahkan menuju tautan berikut sehingga akan muncul jendela sebagai berikut:

2. Pada kotak peta yang disediakan di halaman tersebut, cari area yang akan kita download data bathymetry nya. Contoh di bawah ini adalah pemilihan area untuk wilayah Jepang bagian utara pulau honsu.

ada 2 langkah yang bisa dilakukan untuk pendefinisian lokasi yang dituju;

a. Mengisi nilai longitude dan latitude pada kolom “box coordinate” yang terletak di bagian bawah gambar peta.

b. Tekan tombol shift+klik kiri (kemudian drag area yang akan di download data bathymetry nya)

3. Selanjutnya, scroll sedikit ke bawah untuk melihat resolusi data yang akan di download. Karena saya akan menggunakan data ini untuk keperluan plotting dengan menggunakan GMT, saya memilih format 2D netCDF.

diagram alir untuk setelah pemilihan area adalah seperti pada gambar di bawah ini

Setelah proses pemilihan format data selesai, klik “add data to basket” (panah nomor 3). Apabila telah selesai klik “view basket” (panah nomor 4)

4. Selanjutnya tampilan akan berubah seperti di bawah ini

klik “Checkout your request” apabila area yang akan di download telah selesai di pilih. Pilih “return” untuk kembali ke pemilihan download area.

5. Klik “Checkout your request” apabila area yang diinginkan telah sesuai, sehingga akan keluar tampilan seperti di bawah ini

Masukkan User name dan password untuk login sebelum mendownload data sehingga keluar tampilan seperti berikut

6. Klik “view/hide” untu melihat data yang akan didownload. Proses pengambilan data sesuai dengan area yang telah dipilih memerlukan waktu beberapa detik, user bisa merefresh halaman web untuk mengecek apakah proses tersebut telah selesai. Setelah beberapa detik, kemudian di refresh halaman web sehingga tampilan akan berubah seperti di bawah ini

7. Klik “Download” untuk mengunduk data yang dibutuhkan.

 

Berikut adalah tampilan data Bathymetry yang telah saya plot dengan menggunakan software GMT

script GMT yang saya gunakan untuk plot peta tersebut bisa diunduh disini

 

Kyoto, 7 Februari 2017

Hidayat Panuntun

Linux bash shell in windows environment

win10ubuntu

** klik setiap gambar untuk zoom (memperjelas)

* requirement: Win 10 build 14316 or later

Kali ini saya akan membahas tentang bagaimana menginstall dan menggunakan Ubuntu bash shell di windows 10. Bagi yang suka menggunakan emulator demi menggunakan terminal khas dari ubuntu, kali ini windows 10 menyediakan fasilitas khusus bagi penggunanya.

Linux user pasti sangat mengenal emulator program yang bernama “wine”, emulator yang dipakai untuk menjalankan program windows di linux environtment. Nah, program ini sebaliknya, menjalankan perintah-perintah pada terminal linux di windows environment. Langsung saja, begini cara instalasinya.

– Pastikan komputer/laptop yang digunakan adalah Windows 10 64-bit. Berikut adalah salah satu cara cek versi windows yang terinstall di komputer/laptop, klik windows+R pada keyboard-ketik “dxdiag” dan klik OK
ubunt0

ubuntu00

– Jika OS yang dipakai adalah Windows 10 64-bit, selanjutnya adalah buka “settings-app“, klik “Update & Security”, klik “For developers”, aktifkan mode “Developer mode”

ubuntu2

– Selanjutnya, buka “control panel”, klik “Programs”, klik “Turn Windows features on or off”. Pada tampilan jendela yang baru, aktifkan “Windows Subsystem for linux (Beta)”.

ubuntu3

– Setelah klik “OK”, akan muncul jendela konfirmasi untuk restart komputer.

ubuntu4

– Selanjutnya, ketik “bash” sehingga muncul tampilan seperti berikut kemudian press “enter”

ubuntu5

– Akan muncul jendela mirip command prompt, ketik “y” pada jendela tersebut untuk konfirmasi melanjutkan instalasi program ini

ubuntu6

– Setelah proses download selesai, masukkan username dan password yang akan digunakan

ubuntu7

– Untuk membuka program yang telah berhasil diinstall, ketik “bash” seperti gambar di bawah ini

ubuntu8

– Berikut adalah tampilan program yang telah berhasil diinstall

ubuntu001

SELESAI 

Salah satu keuntungan dengan adanya fasilitas ini adalah user di windows bisa running beberapa perintah pada terminal ubuntu. Bagi saya pribadi, salah satu keuntungan yang saya nikmati adalah saya bisa install program gfortran untuk running script fortran. Berikut langkah-langkah installasi program gfortran pada bash on ubuntu on windows.

– Ketik perintah berikut pada jendela program yang telah dibuka “sudo apt-get install gfortran”

ubuntu10

– Saat installasi telah selesai, download file berikut untuk test running program gfortran. – Setelah meng-extract file yang telah di download, buka program bash on ubuntu on windows, langsung menuju folder hasil extract. Kemudian ketik perintah berikut “gfortran -o coba cek.f95

ubuntu002

klik enter, kemudian ketik “./coba”

ubuntu003

Apabila perintah telah dieksekusi, pada layar akan menampilkan tulisan “Percobaan ubuntu shell di windows 10” Selamat utak-atik untuk penggemar ubuntu shell, bye-bye simulator 🙂

Kyoto, 7 Nopember 2016

Hidayat Panuntun

Draw arrow using GMT

Panah merupakan salah satu komponen penting untuk menunjukkan vektor pergeseran suatu titik. GMT memfasilitasi untuk melakukan penggambaran dengan panah tersebut.

Perintah yang sering digunakan untuk membuat arrow dengan GMT adalah psxy. Disini saya akan mendemokan bagaimana menggambar arrow dengan perintah tersebut.

argument untuk digunakan untuk menggambar arrow adalah -Sv atau -SV. Perbedaan dari penggunaan 2 argument tersebut terletak pada arah.

-SV = arah/input sudut dianggap sebagai azimuth utara-timur

SV

-Sv = arah/input sudut dimulai dari bidang horizontal dengan arah counter-clockwise

S

Selanjutnya, buka notepad editor pada windows.

141.44900000  38.68270000 176.43392170  4.41402661

simpan data diatas dengan ekstensi .txt

psxy akan membaca input file dengan susunan sebagai berikut:

Kolom(1) = Sumbu X (longitude)

Kolom(2) = Sumbu Y (latitude)

Kolom(3) = Sudut (dalam derajat)

Kolom(4) = Magnitude (besar pergeseran)

Setelah menyimpan data di atas, eksekusi perintah pembuatan arrow dengan psxy seperti contoh di bawah

psxy cb.txt -R138/146/34/42 -Jm1.72c -Gblue -Wred -SV0.2c+e+n0.3c+a70 -W1.25 > coba.ps

tulis command di atas pada command prompt

cmd

buka file coba.ps hasil pengolahan dengan GMT.

coba

Penjelasan:

psxy cb.txt -R138/146/34/42 -Jm1.72c -Gblue -Wred -SV0.2c+e+n0.3c+a70 -W1.25 > coba.ps

psxy = command pada GMT yang digunakan untuk membuat arrow

cb.txt = input file

-R = batas minX/maxX/minY/maxY untuk file output

-J = sistem proyeksi yang digunakan

-G = mewarnai head arrow

-W = mewarnai badan arrow

-SV = argument yang digunakan untuk menggambar arrow dengan psxy

+e = memberikan perintah pada GMT untuk menggambar vector head di bagian akhir arrow

+a = setting sudut pada vector head

+n = scaling vector attribute yang bergantung dari besar pada kolom(4)

-W = set keteleban badan arrow

untuk belajar, silahkan mengganti nilai atribut diatas untuk mengetahui efeknya pada penggambaran arrow. Misalkan: mengganti nilai -G dan -W dengan “yellow”, atau mengganti nilai +a dengan 30 atau mengganti atribut yang lainnya.

download file ini untuk, ekstrak dan double klik file “okd_calc1.bat” untuk membuat gambar seperti  di bawah ini.

klik kanan pada file “okd_calc1.bat”, buka dengan notepad editor untuk mengetahui command dan attribute beserta argument yang digunakan untuk menggambar seperti di bawah ini

okd_calc1

Free office software

setelah mendapatkan endnote secara gratis.

Ada 1 software lainnya yang bisa diperoleh secara gratis, yaitu Office software. Apa itu? fine, kata yang sudah mendunia adalah excel, word, dan presentation.

Kita lebih mengenal product microsoft sebagai office software yang biasa digunakan. Ya diantara sekian banyak, memang software itu sangat powerfull.

Tapi harganya itu yang bikin mikir2 berkali-kali untuk mau pakai (beda cerita kalo yang sudah punya niatan mau crack). Harga office personal package saja di sini mencapai 32.000 Yen, itu pun hanya untuk bundle word, excel, dan outlook (fiiuh).

Jadi ya kaya percuma gitu sudah bisa dapat endnote gratis, tapi software word-processing nya harus “mbayar”, mahal pulak.

Tapi tenang, selain office word, ternyata endnote bisa diintegrasikan dengan office processing software yang lain.

Yup, seperti yang bisa dilihat pada gambar diatas, OpenOffice adalah software yang dimaksud. Berikut adalah langkah-langkah download, instalasi dan integrasi dengan endnote

a. Download program OpenOffice disini.

Pilih yang “full instalation” dengan software yang paling baru [4.1.2]

b. Setelah proses download selesai, double klik file hasil download kemudian keluar gambar seperti di bawah

p1

c. Klik “next” hingga keluar tampilan seperti di bawah

p2

Pilih direktori yang akan digunakan untuk meng-ekstrak file OpenOffice

d. Klik “Unpack”, setelah proses ekstrak file selesai akan keluar tampilan seperti di bawah

p4

e. Klik “Next” hingga keluar tampilan seperti di bawah

 

p5

tuliskan username dan “next”

f. kemudian akan muncul tampilan seperti di bawah

p6

Apabila awam dengan pilihan yang harus diinstall, pilih “Typical”, kemudian klik “Next”

g. Selanjutnya akan muncul tampilan seperti di bawah ini

p7

klik “Install” untuk memulai instalasi

h. Instalasi telah selesai apabila telah keluar tampilan seperti di bawah ini

p8

klik “Finish”

i. Buka OpenOffice Writer, software yang baru saja selesai di install. Kemudian klik Tools – Extension Manager

p9

j. Kemudian akan keluar tampilan seperti di bawah

p10

Klik “Add”

k. Kemudian akan keluar tampilan seperti di bawah

p11

Tampilan di atas mungkin akan sedikit berbeda pada masing-masing komputer. Cari directory dimana endnote telah terinstall, masuk ke folder Product-Support, masuk ke folder CWYW, pilih Endnote.oxt

l. Setelah memilih file “Endnote.oxt”-open, kemudian akan muncul tampilan seperti di bawah

p12

Apabila dibandingkan dengan gambar j, gambar di atas terlihat sudah ada penambahan extension, yaitu extension dari endnote. Klik “Close”

m. Close program OpenOffice, kemudian masuk lagi.

p13

Instalasi Endnote pada OpenOffice telah berhasil apabila pada toolbar OpenOffice telah terdapat tambahan baru yaitu “EndNote X7”.

Proses sitasi yang dilakukan sama persis dengan proses sitasi word-processing versinya microsoft, bisa dilihat di tutorial sebelumnya.

p14

Selamat mencoba

 

Kyoto, 19 Maret 2016

Hidayat Panuntun

How to use endnote FREELY and LEGALLY

 

en_online

Bagaimana menggunakan endnote secara GRATIS dan LEGAL (bukan bajakan)

Gratis dan Legal untuk sebuah software bagus dan branded adalah sebuah kata dahsyat yang bisa membuat mata semua orang terbelalak (lebay dikit ga pa2 ya ^^)

Untuk memudahkan manajemen referensi, wajib (bisa juga sunnah muakkadah) hukumnya bagi para peneliti untuk menggunakan bantuan software. Diantara sekian banyak software, (menurut saya) yang paling handal adalah endnote.

Masalah kemudian muncul karena software ini tidak gratis alias commercial software. Merujuk pada situs resmi, harga jual software ini adalah $299.95 (termasuk ongkir). Lha judulnya kok GRATIS dan LEGAL??

Nah, bagi yang ingin menggunakan endnote secara gratis dan legal, saya akan bagi tahapan-tahapannya.

a. Membuat akun endnote online di https://www.myendnoteweb.com/EndNoteWeb.html kemudian klik create an account

c1

b. Isikan email yang akan digunakan pada kolom E-mail dan Retype E-mail address 

c2

c. Klik “continue” sehingga muncul tampilan seperti di bawah ini,

c3

Tulis nama dan password yang akan digunakan pada kolom yang telah disediakan,  kemudian klik “I Agree

d. Selamat, anda telah membuat akun endnote versi web.

c4

selesai?

Eits, belum selesai. Agar bisa digunakan untuk menulis citation di word software, pengguna harus mendownload plug-in yang disediakan oleh endnote. Caranya:

Pada tampilan web seperti gambar diatas, Klik option – download installer – download Windows MSI

d1

Setelah proses download selesai, install package yang telah berhasil diunduh tersebut dengan cara sebagai berikut:

a. Double klik file yang berhasil didownload

1

b. Klik next hingga muncul tampilan seperti di bawah ini

2

Isikan nama dan tempat kerja, klik next

c. kemudian akan muncul tampilan seperti di bawah ini

3

Pilih default, kemudian klik Next

d. Atur destination folder, folder dimana program ini akan diinstall (just next lah)

4

Klik next sehingga akan muncul tampilan seperti di bawah ini

e. Komponen software yang akan diinstall, leave it as default ^^ (next)

5

f. Ready to install, next

6

g. Proses installasi

8

Setelah melewati proses yang agak panjang tersebut (dan berhasil), kemudian buka office word. Pengguna akan menjumpai ribbon baru yang muncul dengan title EndNote.

13

Instalasi telah berhasil 🙂

a. Untuk melakukan citation, pengguna harus meng-synchronize dengan akun endnote yang telah dibuat di langkah awal. Cukup klik ribbon endnote, akan muncul tampilan seperti di bawah ini

9a

b. masukkan e-mail address dan password akun endnote web yang telah berhasil dibuat pada langkah awal tulisan ini, kemudian akan muncul tampilan seperti berikut;

10

c. setelah ada pemberitahuan singkronisasi telah berhasil, klik insert citation

11

 

d. kemudian akan muncul tampilan seperti berikut

14

e. ketik nama author pada kolom find untuk mencari dan mensitasi tulisannya pada manuscript yang akan dibuat, maka akan muncul tampilan seperti diatas.

Apabila kita melakukan pencarian pada endnote versi web, tampilan yang akan keluar akan sama persis

12

f. Kembali ke manuscript yang terdapat di word software, klik insert maka akan muncul tampilan seperti berikut

16

tulisan yang di tandai dengan warna merah adalah hasil dari output endnote.

note: Pengguna yang baru saja membuat akun, silahkan untuk mengumpulkan referensi di akun endnote nya masing-masing sebelum memulai untuk menulis di word software. proses import referensi di endnote versi web mudah-mudahan bisa ditulis di kesempatan dan tulisa yang selanjutnya insyaallah. Berikut saya berikan fast tutorialnya.

a. Cari link export citation, download citation, cite this article, atau link yang lain yang berhubungan dengan donwload sitasi. Berikut adalah salah satu contoh di jurnal nature.

17

b. klik save-open pada file yang telah berhasi didownload, kemudian akan muncul tampilan seperti berikut

18

c. File hasil export tersebut bisa langsung digunakan (lihat step c ~ e).

Semoga membantu

Kyoto, 3 Maret 2016

Hidayat Panuntun

Membuat tabel dan set font GMT

Berikut adalah langkah-langkah untuk membuat boundary tabel dengan set font dengan menggunakan GMT.

Bagi yang belum melakukan instalasi GMT, bisa melihat kembali langkah-langkahnya disini.

buka notepad editor, tuliskan script ini di editor.

cls
set A=font.ps
psbasemap -Jx1 -R-12/12/0/5 -Xc -Yc -Ba2:.”Axis Label”::”Title”: > %A%
ps2raster %A% -Tg
del gmt.*

simpan dengan ektensi *.bat, selanjutnya eksekusi file tersebut. Outputnya adalah gambar berikut ini

fonttambahkan script di bawah ini untuk merubah font GMT

gmtset FONT_ANNOT_PRIMARY Palatino-Italic
gmtset FONT_TITLE Palatino-Italic
gmtset FONT_LABEL Palatino-Italic

sehingga script yang akan dieksekusi pada file *.bat akan tampak seperti berikut ini

cls
set A=font.ps
gmtset FONT_ANNOT_PRIMARY Palatino-Italic
gmtset FONT_TITLE Palatino-Italic
gmtset FONT_LABEL Palatino-Italic
psbasemap -Jx1 -R-12/12/0/5 -Xc -Yc -Ba2:.”Axis Label”::”Title”: > %A%
ps2raster %A% -Tg
del gmt.*

double klik file *.bat tersebut, output akan berubah menjadi seperti berikut:

 

font1untuk memahami masing-masing pejelasan script yang tertulis diatas, bisa membaca panduan GMT yang telah saya share sebelumnya disini

Script di atas bisa didownload di link ini

selamat belajar 🙂

Kyoto, 14 Nopember 2015

Hidayat Panuntun

 

How to install intel fortran compiler in windows and ubuntu 12.10

intel fortran

Kali ini saya akan share bagaimana melakukan instalasi intel fortan compiler for linux (Ubuntu) dan Windows. Bagi yang ingin tahu apa itu intel fortran compiler, silahkan buka halaman ini.

Secara umum, intel fortran adalah the fastest fortran compiler compare with that from others. *pandangan pribadi penulis (^_^)v

update: link dibawah telah expired (bagian DOWNLOAD PROGRAM), intel mengganti dengan free Intel® Parallel Studio XE Cluster Edition for Windows free untuk student.

Berikut adalah link pengganti dari intel yang bisa digunakan.

Bagi yang tertarik untuk mengetahui produk yang ditawarkan, silahkan menuju halaman ini

Bagi yang mau mendownload Intel® Parallel Studio XE Cluster Edition for Windows, silahkan menuju halaman ini.

Bagi yang mau mendownload Intel® Parallel Studio XE Cluster Edition for linux, silahkan menuju halaman ini.

Secara keseluruhan, proses yang harus dikerjakan sama dengan prosedur di bawah.

1. Accept term from intel

fort1

klik accept kemudian akan muncul halaman berikut

2. Student product request

Mengisi data-data yang dibutuhkan untuk request kepada intel

fort2

klik submit kemudian intel akan mengirimkan email sesuai dengan alamat yang tertulis pada kolom Email untuk konfirmasi.

Proses selanjutnya tinggal mengikuti instruksi yang diberikan pada email.

 

–EXPIRED LINK–

DOWNLOAD PROGRAM

1. Download Intel® Fortran Composer XE 2013 for Linux

Pada windows tersebut, pengguna akan dimintai persetujuan dengan cara mencentang 3 kolom yang telah disediakan. Kalau pengguna menyetujui, klik semua, kemudian klik “accept”

gambar 1. Agreement page

2. Kemudian akan muncul halaman “Noncommercial Product Request” seperti di bawah ini;

gambar 2. Halaman informasi

selanjutnya, pada halaman tersebut pengguna diharuskan mengisi data sesuai dengan yang diminta pada kolom-kolom tersebut. Mohon diperhatikan, pada bagian email pengguna harus mengisikan dengan email aktif mengingat link download dari software tersebut akan dikirim melalui email seperti yang diisikan pada kolom email. Setelah mengisikan semua isian yang harus diisi, pengguna bisa klik “continue” yang kemudian akan muncul gambar seperti di bawah ini.

gambar 3. Finalisasi pengunduhan

Klik “downoad now” pada tampilan seperti gambar 3. Pengguna tinggal menunggu proses download selesai dilakukan.

INSTALL PROGRAM ON LINUX ENVIRONMENT 

1. Mohon perhatian, langkah-langkah ini hanya untuk pengguna yang memakai ubuntu 11.04 sampai 12.10.

2. Sebelum menginstall intel fortran compiler, pengguna sebaiknya melakukan pengecekan terhadap program pendukung yang dibutuhkan agar intel fortran compiler bisa berjalan dengan sempurna di laptop masing-masing. Berikut adalah list software pendukung yang harus di install oleh pengguna sebelum melakukan installasi intel fortran compiler:

  • sudo apt-get update
  • sudo apt-get install g++
  • sudo apt-get install gcc
  • sudo apt-get install build-essential
  • sudo apt-get install gcc-multilib
  • sudo apt-get install rpm
  • sudo apt-get install openjdk-6-jre-headless
  • sudo apt-get install ia32-libs (Hanya untuk komputer dengan sistem 32 bit) 

 

3. Mengganti value “umask

Mengenai apa itu umask, silahkan di cari lewat mbah google ya :). Sebelum melakukan instalasi, cek nilai umask pada komputer, caranya dengan mengetikkan “umask” pada terminal. Pastikan nilai dari umask tersebut adalah 0022. Apabila ternyata nilai di komputer pengguna tidak menunjukkan angka tersebut, pengguna bisa merubahnya dengan mengetikkan perintah berikut pada terminal:

  • umask 0022

4. Installasi Intel Fortran Compiler.

Setelah pengguna berhasil melawati tahapan di atas dengan lancar tanpa halangan apapun (kaya apa aja ya..hehe), pengguna sudah bisa melakukan instalasi Intel Fortran Compiler dengan langkah langkah sebagai berikut:

a. Ekstrak file Intel Fortran hasil download

b. Pada terminal, pindah ke direktori tempat file tersebut telah diesktrak. Kemudian ketikkan pada terminal:

sudo ./install.sh

selanjutnya, silahkan mengikuti instruksi yang ditampilkan pada terminal. Sama seperti saat kita menginstall suatu program, masukkan serial number (ada di dalam email yang dikirimakan microsoft), harus melakukan klik “yes”, pilih opsi tertentu, dll. Hanya saja, kalau di windows kita bisa melakukannya dengan mudah dengan bantuan user interface windows sedangkan pada linux, pengguna harus melakukan input manual dengan cara mengetikkan pada terminal.

EDITING ENVIRONMENT

Setelah berhasil melakukan instalasi program tersebut, selanjutnya pengguna harus melakukan modifikasi pada environment linux. Untuk pengguna bashrc bisa menambahkan path berikut:

export PATH=$PATH:/opt/intel/bin

Tutup terminal, kemudian buka kembali.

Untuk melakukan testing apakah intel fortran compiler telah berhasil terinstall dengan benar, pengguna bisa mengeksekusi program fortran yang dipunyai dengan mengetikan perintah berikut:

ifort [nama_file_fortran]

Untuk running output dari program tersebut, pengguna tinggal mengetikkan perintah berikut:

./[nama_output].out

 

INSTALL PROGRAM ON WINDOWS ENVIRONMENT

instalasi program intel fortran pada Windows 7/8/8.1/10 dilakukan seperti melakukan instalasi program pada umumnya di windows OS.

klik setup-nya, kemudian next next sampai finish 🙂

 

Selesai. 🙂

Kyoto, 8 Mei 2014

edited 6 Nop 2015

Hidayat Panuntun

 

Install GMT pada windows

*silahkan reload halaman ini apabila gagal untuk preview dokumen di bawah/tekan tombol download

Posting kali ini adalah tentang langkah-langkah melakukan instalasi software GMT (Generic Mapping Tools) pada windows.

Software ini gratis dan sangat powerful untuk memvisualisasikan data2 yang kita miliki. Silahkan dibaca 🙂

Untuk memudahkan dalam proses penginstallan, pembaca bisa mengunduh file-file yang dibutuhkan pada link ini

[gview file=”http://hidayatpanuntun.staff.ugm.ac.id/files/2015/10/install-GMT-on-windows1.pdf”]

Untuk menambah keseruan dalam belajar, disini saya tidak akan menerangkan satu persatu script yang digunakan dalam file perintah diatas.

*untuk mengetahui command yang digunakan, klik kanan pada file yang berekstensi (*.bat), open with [pad editor, eg: notepad++].

Penjelasan mengenai script-script perintah GMT ada pada dokumen berikut

[gview file=”http://hidayatpanuntun.staff.ugm.ac.id/files/2015/10/GMT_Manpages.pdf”]

obs_displacement

Tutorial GAMIT part 2

This article is continuing on GPS data processing using GAMIT. For reader who want to read previous article, please read this.

Assumed that you already done with your data processing using this step and you have at least more than 1 GPS data observation to combine. To make it clear, I will draw the assumptions as a picture below

Fig.1. GAMIT data processing

The main specific control for this step are :

  1. The list of sites to be used in defining the reference frame.
  2. The a priori coordinates for these sites.

for simplicity, user can use IGS station as sites for defining reference frame. It’s due to the assumption that IGS station is most stable station used in the processing. Using this step, reader will gain output of GAMIT/GLOBK processing which contain GPS observation sites and GPS reference sites, and get 3 epoch repeatibilities and velocities.

A. Create new folder.

create 2 new folder under your project folder, namely “h-files” and “h-gamit”. This folder is used to store h-files from global solution (under hfiles folder) and h-files from sh_gamit processing (under hgamit folder).

hint: to make it easy, you can link your h-files from sh_gamit processing which is originally stored in each DOY folder using this command (executed under hgamit folder)

ln -s ../???/h[expt] .

where : expt is the name of the project experiment.

B. Create list of H-file.

Create a list of H-files to be input to GLOBK for repeatabilities. Before that, convert H-file to glb file using this command.

htoglb glbf tables/[expt].svs hgamit/h* for your h-files from gamit processing, and

htoglb glbf tables/[expt].svs hfiles/h* for h-files from global solution.

After that, create list of H-files (under glbf folder) using this command :

ls ../glbf/*.glx > [expt].gdl

where :

expt = name of experiment.

the *.gdl file may optionally contain additional parameters to indicate re-weighting and coupling. To do that, you can append “1.0 +” in the end of every line inside the *.gdl file.

C. Preparing control file.

before execute repeatabilities, don’t forget to copy globk_comb.cmd, glorg_comb.cmd and *.gdl file to GSOLN, and edit those 2 files (globk_com.cmd and glorg_comb.cmd). please refers to GAMIT/GLOBK manual book to help you to edit these files.

In addition, please copy stab_site.global, itrf08.apr, igs08_disc.eq, and pmu.usno from gg/tables to your project directory tables. this step may be vary, because these copies files are depend on your editing in globk_com.cmd and glorg_com.cmd)

D. Processing

To get repeatabilities, please type on your terminal under your project directory

glred 6 globk_com.prt globk_comb.log [expt].gdl globk.cmd

where = [expt] is the name of your *.gdl file.

This command will make globk_comb.org as output file solution for h-file in the *.gdl file. You should check this file for quality and uncertainties to the positions and velocities.

E. Plot result

Use this command for plotting your globk output

sh_plotcrd -f [file *.org] -expt [experiment name] -cols [number of column, type = 1 for single column or 2 for double colomn]

check your ps file to see the output plot of this command. If there are any outliers, they must be dealt with by exclusion or downweighting .

 

Kyoto, 22 Agustus 2014

Hidayat Panuntun